有機溶劑的毒性表現在溶劑與人體接觸或被人體吸收時引起局部麻醉刺激或整個機體功能發生障礙。

一切有揮發性的有機溶劑，其蒸氣長時間、高濃度與人體接觸總是有毒的，比如：伯醇類(甲醇除外)、醚類、醛類、酮類、部分酯類、芐醇類溶劑易損害神經系統；羧酸甲酯類、甲酸酯類會引起肺中毒；苯及其衍生物、乙二醇類等會發生血液中毒；鹵代烴類會導致肝臟及新陳代謝中毒；四氯乙烷及乙二醇類會引起嚴重腎臟中毒等。

因此使用時應注意以下事項：

(1)盡量不要將皮膚與有機溶劑直接接觸，務必做好個人防護，詳見：三實驗室個人防護知識。

(2)注意保持實驗場所通風。

(3)在使用過程中如果有毒有機溶劑溢出，應根據溢出的量，移開所有火源，提醒實驗室現場人員，用滅火器噴灑，再用吸收劑清掃、裝袋、封口，作為廢溶劑處理。